Storch có thể được tìm thấy ở mọi mặt trận từ Châu Âu đến Bắc Phi trong Chiến tranh Thế giới II. Loại máy bay này có lẽ luôn luôn nổi tiếng trong vai trò phương tiện vận chuyển trong cuộc giải thoát độc tài Italia Benito Mussolini từ một đỉnh núi gần Monte Cassino, bị bao vây bởi các đơn vị lính Italia. Sĩ quan biệt kích Đức là Otto Skorzeny đã nhảy dù cùng với một đơn vị gồm 90 người lên trên đỉnh nũi và nhanh chóng hoàn thành nhiệm vụ giải cứu Benito Mussolini, nhưng có một vấn đề là làm thế nào để quay trở lại. Một chiếc trực thăng Focke Achgelis Fa 223 đã được gửi đến, nhưng nó đã bị hỏng trên đường đi. Thay vào đó, phi công Walter Gerlach đã bay trên một chiếc Storch, hạ cánh trên đường băng dài 30 m (100 ft), đưa Mussolini và Skorzeny ra khỏi đỉnh núi, máy bay đã cất cánh trên đường băng dài 80 m (250 ft), dù tải trọng vượt quá quy định. Chiếc máy bay Storch liên quan đến cuộc giải cứu Mussolini đã được mã hóa bằng các mẫu tự mã vô tuyến, hay Stammkennzeichen, của "SJ + LL" trong nhưng tin tức hình ảnh được công bố về cuộc giải thoát táo bạo.

26 tháng 4-1945, một chiếc Storch là một trong những chiếc máy bay cuối cùng hạ cánh trên những đường băng dã chiến tại Tiergarten gần Cổng Brandenburg trong thời gian diễn ra Chiến dịch Berlin, 1945 và cơn giãy chết của Đế chế Thứ Ba. Nó được điều khiển bởi phi công thử nghiệm Hanna Reitsch, người đã bay cùng người tình của mình là thống chế Robert Ritter von Greim từ Munich đến Berlin để đáp trả lời triệu tập của Hitler. Một lần ở Berlin, von Greim đã thông báo rằng ông ta sẽ tiếp quản quyền chỉ huy Luftwaffe từ Hermann Goering.[1]

Một chiếc Storch đã trở thành nạn nhân của cuộc hỗn chiến cuối cùng ở Mặt trận Phía Tây và một chiếc khác cũng bị bắn hạ bởi một bản sao của chiếc Storch thuộc quân Đồng minh - một chiếc Piper L-4 Grasshopper - phi công của chiếc L-4 đã sử dụng súng lục để bắn hạ chiếc Storch. Chiếc Storch này là chiếc máy bay duy nhất được biết đến bị bắn hạ bởi một khẩu súng lục trong suốt chiến tranh thế giới II.

Tổng cộng có khoảng 2.900 chiếc Fi 156 Storch, phần lớn là phiên bản C, được sản xuất từ năm 1937 đến năm 1945. Khi nhà máy chế tạo Fieseler Fi 156 chính chuyển sang chế tạo Bf 109 vào năm 1943, việc sản xuất Storch được chuyển tới nhà máy Mráz ở Choceň, Tiệp Khắc. Một số lượng lớn cũng được chế tạo tại nhà máy Morane-Saulnier trong vùng chiếm đóng của Đức ở Pháp, bắt đầu từ tháng 4-1942, với tên gọi M.S.500 Criquet. Cả hai nhà máy tiếp tục sản xuất máy bay sau chiến tranh phục vụ cho các thị trường máy bay dân dụng vùng (tại Tiệp Khắc Fi 156 Storch có tên gọi là K-65 Čáp, có 138 chiếc được chế tạo năm 1949).

Trong suốt chiến tranh, ít nhất 60 chiếc Fi 156 Storch đã bị quân đồng minh chiếm được, một chiếc trở thành máy bay riêng của Thống chế Montgomery.

Vì đặc điểm STOL xuất sắc của mình (mà những lợi ích lớn hiển nhiên cho phi công ở những vùng hoang vắng) do đó đã có nhiều nỗ lực để tái tạo hay sao chép toàn bộ Storch trong các kiểu dáng hiện đại, tức là trong các kiểu dáng khác nhau của các máy bay tự chế tạo. Một trong những mẫu thành công gần đây trong công việc này là Slepcev Storch được Nestor Slepcev thiết kế. Đây là một chiếc máy bay có 3/4 sự sao chép y hết như chiếc máy bay nguyên bản với một số cải tiến để máy bay đơn giản hơn. Được sử dụng vật liệu hiện đại trong chế tạo nên Slepcev Storch có hiệu suất STOL tốt hơn so với máy bay nguyên mẫu, nó có thể cất cánh trên đường băng 30 m và hạ cánh trên đường băng 50 m không có gió ngược.